2005年6月，國務院批準中國證監會、財政部、中國人民銀行發布《證券投資者保護基金管理辦法》（以下簡稱《管理辦法》），同意設立國有獨資的中國證券投資者保護基金有限責任公司（以下簡稱“投保基金公司”），并批準了公司章程。2005年8月30日，投保基金公司在國家工商總局注冊成立，由國務院出資，財政部一次性撥付注冊資金63億元。投保基金公司歸口中國證監會管理。

　　公司設董事會，為公司的決策機構；設經理層，主持公司的經營管理工作。公司內設12個部門，分別為黨委辦公室、紀檢辦公室、綜合部、資金監控與監管協作部、法律事務部、資產管理部、調查評價與研究部、投資者教育服務部、統計分析部、證券公司風險監測部、財務部、信息技術部。董事會下設3個專業委員會，分別為戰略發展委員會、投資決策委員會、薪酬管理委員會。公司下設1個控股子公司，北京中證保信息科技股份有限公司。

　　截至2019年底，公司共有干部97人，全部為本科及以上學歷，其中碩士及以上學歷人員占比76.30%。從專業上看，與公司業務相關的金融、法律、會計、統計、計算機相關專業人員占比約70%；從年齡上看，公司人員平均年齡為33歲，35歲以下員工占比62.90%。